Hier kurz ein Nachtrag:

jetzt hat es ungefähr 9 Wochen gedauert bis sich die Fehler bei der Programmierung der Joomla Seite auch bei den Webmaster Tools eingerenkt haben.

Vor etwa 8 Wochen hat sich der Seitenindex bei Google nach Behebung des Fehlers aufgebaut und die Google hatte immer mehr Seiten von der Domain im Index.
Als dann alle Seiten indexiert waren hat es noch mal 4  Wochen gedauert und die Indexierung ist auch von den Webmaster Tools erfasst worden.
Also nur nicht den Mut verlieren!
Schwierig ist nur zu wissen was wirklich der Grund einer schlechten Indexierung ist, da versucht man gleich an mehreren Schrauben zu stellen und kann bei so einem langen Zeitraum nicht immer sicher sein.